Registro fonte: Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas

Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas

Species of the genus Aeromonas are gram-negative bacteria and many are human pathogens. With the advent of new sequencing techniques, this genus has been better investigated. Genetic data have been introduced into a database network on a daily basis. However, but the truth and quality of this data i...

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Autor principal:	Moriel, Bárbara
Formato:	Trabalho de Conclusão de Curso (Especialização)
Idioma:	Português
Publicado em:	Universidade Tecnológica Federal do Paraná 2020
Assuntos:	Banco de dados Bactérias gram-negativas Genes Data bases Gram-negative bacteria CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE INFORMACAO
Acesso em linha:	http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/23540
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spelling	riut-1-235402020-11-30T13:12:35Z Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas A database of genes belonging to the type VI secretion system in species of genus Aeromonas Moriel, Bárbara Bovo, Alessandro Botelho Bovo, Alessandro Botelho Lopes, Fabrício Martins Paschoal, Alexandre Rossi Banco de dados Bactérias gram-negativas Genes Data bases Gram-negative bacteria CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE INFORMACAO Species of the genus Aeromonas are gram-negative bacteria and many are human pathogens. With the advent of new sequencing techniques, this genus has been better investigated. Genetic data have been introduced into a database network on a daily basis. However, but the truth and quality of this data is not always verified. Thus, doubtful information can be propagated, leading to misleading results and conclusions. Given these difficulties, a database has been created for the type VI secretion system in Aeromonas, in order to facilitate the search, analysis and acquisition of protein sequences belonging to this system, which is closely related to virulence. In order to do that, we obtained the genomes of the Aeromonas species deposited in the NCBI. These genomes have been annotated by the RAST software and the sequences compared to the reference species Aeromonas hydrophila SSU. The automatic annotation performed by the RAST showed that of the 115 Aeromonas species, 72 had the type IV secretion system. The database is publicly available at: http://http://bio.seita.co. As espécies do gênero Aeromonas são bactérias em forma de bacilos gram-negativos e muitas são patógenos humanos. Com o advento das novas técnicas de sequenciamento, este gênero tem sido melhor pesquisado. Dados genéticos são introduzidos diariamente em uma rede de banco de dados, porém nem sempre são verificadas a veracidade e a qualidade desses dados. Assim, informações duvidosas podem ser propagadas, levando a resultados e conclusões erradas. Dadas essas dificuldades, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI em Aeromonas, a fim de facilitar a busca, análise e aquisição das sequências proteicas pertencentes a esse sistema que está relacionado diretamente com virulência. Para a construção do banco de dados foram obtidos os genomas das espécies de Aeromonas depositadas no NCBI. Esses genomas foram anotados pelo software RAST e as sequências comparadas com a espécie referência Aeromonas hydrophila SSU. A anotação automática realizada no RAST mostrou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV. O banco de dados está disponível publicamente em http:// http://bio.seita.co. 2020-11-30T13:12:35Z 2020-11-30T13:12:35Z 2016-08-22 specializationThesis MORIEL, Bárbara. Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas. 2016. [26 f.]. Trabalho de Conclusão de Curso (Especialização) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Londrina, 2016. http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/23540 por openAccess application/pdf Universidade Tecnológica Federal do Paraná Londrina Brasil Bioinformática UTFPR
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description	Species of the genus Aeromonas are gram-negative bacteria and many are human pathogens. With the advent of new sequencing techniques, this genus has been better investigated. Genetic data have been introduced into a database network on a daily basis. However, but the truth and quality of this data is not always verified. Thus, doubtful information can be propagated, leading to misleading results and conclusions. Given these difficulties, a database has been created for the type VI secretion system in Aeromonas, in order to facilitate the search, analysis and acquisition of protein sequences belonging to this system, which is closely related to virulence. In order to do that, we obtained the genomes of the Aeromonas species deposited in the NCBI. These genomes have been annotated by the RAST software and the sequences compared to the reference species Aeromonas hydrophila SSU. The automatic annotation performed by the RAST showed that of the 115 Aeromonas species, 72 had the type IV secretion system. The database is publicly available at: http://http://bio.seita.co.
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Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas

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