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Visualização de redes gênicas a partir da integração de dados biológicos

The creation of huge amounts of data is called BigData. One of the problems that BigData brings is the extration of information from this massive database, so it is a challange to create a methodology capable of doing this task. On the context of BigData, a lot of biological databases are avaliable...

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Autor principal: Rubino, Gabriel
Formato: Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação)
Idioma: Português
Publicado em: Universidade Tecnológica Federal do Paraná 2020
Assuntos:
Teoria dos grafos
Genes
Banco de dados
Graph theory
Data bases
CNPQ::ENGENHARIAS
Acesso em linha: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/7115
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spelling riut-1-71152020-11-10T17:41:17Z Visualização de redes gênicas a partir da integração de dados biológicos Rubino, Gabriel Lopes, Fabrício Martins Lopes, Fabrício Martins Kashiwabara, Andre Yoshiaki Vicente, Fabio Fernandes da Rocha Teoria dos grafos Genes Banco de dados Graph theory Genes Data bases CNPQ::ENGENHARIAS The creation of huge amounts of data is called BigData. One of the problems that BigData brings is the extration of information from this massive database, so it is a challange to create a methodology capable of doing this task. On the context of BigData, a lot of biological databases are avaliable online. These databases let users interact, update and even correct its data. These and other actions make possible its access from external systems. Some biological databases are TAIR, GO and PO. These databases are dedicated to share functions of genes and its characteristics. One of this work’s goals is to integrate biological data in a way that is possible to generate a gene network. To help the accomplishment of this goal some tools were used. The first one is Neo4j that is responsable for the data base’s management and its storage. Another tool used was JavaScript along with the library d3.js that was used to create the visual representation of the network. All the methods present in this project were tested to guarantee its reliability. To do this task information of genes from other papers were used. These informations were compared with the results from this project to check its consistency. As a result of this project a tool for visualization of a gene network and data integration was developed. This tool has a friendly interface with the possibility of selecting the type of biological data to generate the gene’s networks as well as biological’s functions with color identification. Conselho Nacional do Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Com o surgimento da geração massiva de dados biológicos, que ´e um caso de BigData, existe a necessidade do desenvolvimento de metodologias que possam extrair informações a partir desse grande volume de dados. Nesse contexto, muitas bases de dados biológicos estão disponíveis na internet, as quais tornam possível o uso, atualizações, correções, entre outras ações, que levam a possibilidade de serem processados e analisados por sistemas externos às bases de dados. Entre as fontes de dados biológicos podem se ter como exemplo o TAIR, PO e o GO dedicados a disponibilizar dados sobre genes tais como suas funções e características. Esse trabalho visa a integração de dados biológicos com o objetivo de gerar uma rede de características genéticas. Outro ponto de destaque é a criação de métodos para a visualização das redes e grafos gerados, para isso algumas ferramentas foram utilizadas. Uma dessas ferramentas é o Neo4j responsável por gerenciar e armazenar o banco de dados em grafos. Outra ferramenta utilizada foi o JavaScript juntamente com a biblioteca d3.js usada para a representação visual de redes e grafos. Os métodos e a consistência do banco foram validados com o uso de informações sobre os genes disponibilizadas em outros trabalhos sobre Arabdopsis thaliana. Esse mecanismo de validação foi realizado pela comparação das informações geradas pelo programa desenvolvido com informações de trabalhos relacionados. Como resultado, foi desenvolvida uma ferramenta para visualização de redes gênicas a partir da integração de dados biológicos, com interface amigável, possibilidade de selecionar os dados biológicos para a geração da rede e com identificação de cores por função biológica. 2020-11-10T17:41:17Z 2020-11-10T17:41:17Z 2016-06-15 bachelorThesis RUBINO, Gabriel. Visualização de redes gênicas a partir da integração de dados biológicos. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 2016. http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/7115 por openAccess application/pdf Universidade Tecnológica Federal do Paraná Cornelio Procopio Brasil Engenharia da Computação UTFPR
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Rubino, Gabriel
Visualização de redes gênicas a partir da integração de dados biológicos
description The creation of huge amounts of data is called BigData. One of the problems that BigData brings is the extration of information from this massive database, so it is a challange to create a methodology capable of doing this task. On the context of BigData, a lot of biological databases are avaliable online. These databases let users interact, update and even correct its data. These and other actions make possible its access from external systems. Some biological databases are TAIR, GO and PO. These databases are dedicated to share functions of genes and its characteristics. One of this work’s goals is to integrate biological data in a way that is possible to generate a gene network. To help the accomplishment of this goal some tools were used. The first one is Neo4j that is responsable for the data base’s management and its storage. Another tool used was JavaScript along with the library d3.js that was used to create the visual representation of the network. All the methods present in this project were tested to guarantee its reliability. To do this task information of genes from other papers were used. These informations were compared with the results from this project to check its consistency. As a result of this project a tool for visualization of a gene network and data integration was developed. This tool has a friendly interface with the possibility of selecting the type of biological data to generate the gene’s networks as well as biological’s functions with color identification.
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